O Instituto Pasteur de São Paulo (IPSP) ocupa 2.000 m2 de área, distribuída em dois andares e na parte térrea de um prédio situado dentro da Cidade Universitária da USP.
Em um dos andares, encontram-se 4 laboratórios de nível 1 de biossegurança (NB1), com escritórios associados; 2 laboratórios de nível 2 de biossegurança (NB2), várias áreas de uso compartilhado para equipamentos; descarte de dejetos; área destinada à bioinformática de aproximativamente 60 m2, “open space” destinado à administração; 3 escritórios para gestores; e sala de reunião presencial e on-line, modulável.
Em outro piso, encontram-se 4 laboratórios de nível 1 de biossegurança (NB1) adicionais, com escritórios associados; área destinada aos escritórios de estudantes, 2 laboratórios de nível 2 de biossegurança (NB2); áreas multiusuários; descarte de dejetos; área técnica comum para o preparo de reagentes; meios de cultura e tratamento de vidraria; e como 4 salas de nível de segurança 3 (NB3) para o trabalho em confinamento. Nesta área, há 2 salas com áreas técnicas independentes, destinadas ao trabalho com parasitas e vírus, respectivamente. Outras 2 salas NB3 são interligadas por pass-through, com área técnica independente das 2 primeiras, destinadas, respectivamente, aos isoladores de roedores; e uma plataforma de imagiologia in vivo.
Uma área técnica com mais de 200 m2 assegura a aparelhagem necessária para o funcionamento dos laboratórios.
Áreas especificas no andar térreo são destinadas ao armazenamento de containers de nitrogênio líquido, congeladores -80°C, área para descarte de dejetos e biotério de apoio.