Integração de dados multi-coorte do microbioma intestinal humano para a estratificação de pacientes com doenças inflamatórias intestinais
Pesquisador responsável: André Ferreira Cunha
As doenças inflamatórias intestinais (DII) são doenças crônicas que causam inflamações e úlceras no sistema gastrointestinal, gerando sintomas como dores abdominais, diarreias e sangramentos. As DII são consideradas doenças complexas pois são causadas por uma interação de fatores genéticos, imunológicos, ambientais e microbiológicos, e até o momento não existe cura para elas. Sabendo que o microbioma intestinal é um fator importante para o desenvolvimento das doenças, buscamos, neste projeto, integrar dados multi-coorte de sequenciamento 16S de microbiomas intestinais de DII e, por meio de aplicações de machine learning, encontrar subestruturas e microrganismos relevantes que possam ser usados para a estratificação de pacientes e medicina de precisão.
Interação de microrganismos e hospedeiros humanos associados ao desfecho clínico de pacientes acometidos por doenças infecciosas
Pesquisador responsável: Ícaro Maia Santos de Castro
O estudo tem como objetivo investigar o impacto da expressão gênica e do microbioma do hospedeiro na resposta imunológica de doenças infecciosas. Por meio de dados públicos de RNA-seq de sangue total, pretendemos realizar uma abordagem integrativa utilizando a biologia de sistemas para elucidar como a interação do microbioma e do sistema imunológico do hospedeiro podem estar associadas ao desfecho clínico de pacientes acometidos por doenças infecciosas.
Análise integrativa de perfis transcricionais de pacientes com COVID-19 utilizando biologia de sistemas
Pesquisador responsável: Jonathan Peña Avila
Neste projeto, nosso principal objetivo é revelar os genes e mecanismos moleculares consistentemente associados à COVID-19. Para alcançar isso, coletamos dados de uma extensa coleção de mais de 100 estudos de transcriptoma envolvendo pacientes infectados com o SARS-CoV-2. Através da integração e comparação desses estudos, identificamos genes que exibem padrões de expressão diferencial em COVID-19. Além disso, exploramos vias enriquecidas e realizamos análises de regulação gênica para obter uma compreensão abrangente dos processos moleculares subjacentes. Com esse conhecimento, nosso projeto visa contribuir para a caracterização molecular da fisiopatologia da doença, o que não apenas aprimorará nossa compreensão da COVID-19, mas também facilitará o desenvolvimento de estratégias preventivas e terapêuticas. A identificação de biomarcadores potenciais e alvos terapêuticos pode abrir caminho para ferramentas diagnósticas e intervenções de tratamento mais eficazes.
Aprendizado de máquina para interpretação de análise de imagens microscópicas
Pesquisador responsável: Mauro César Cafundó de Morais
Estudo do modelo oligogênico do transtorno do espectro autista a partir da análise de transcriptoma bulk e single-cell-rna-sequencing de cérebro e organoides humanos
Pesquisador responsável: Pedro Henrique Prado de Oliveira
Este estudo visa identificar os mecanismos moleculares responsáveis pelo desenvolvimento do transtorno do espectro autista. Serão utilizados métodos bioinformáticos em dados transcriptômicos de bulk e single-cell-RNA-sequencing de amostras de cérebros post mortem de indivíduos TEA assim como de organoides corticais gerados a partir de hiPSCs. Em complemento a estudos de bancada, desejamos observar se há alterações em vias de sinalização envolvidas com genes de canais de cálcio e da reelina afetando células neuro-progenitoras e neurônios excitatórios de projeção em regiões corticais durante o período do neurodesenvolvimento.